Thương điếm của Công ty Đông Ấn Hà Lan ở Dejima đã bị bãi bỏ khi Nhật Bản kết thúc Hiệp ước Kanagawa với Hoa Kỳ vào năm 1858. Điều này đã góp phần kết thúc vị thế của Dejima như cửa ngõ duy nhất của Nhật Bản với thế giới phương Tây trong thời kỳ cô lập quốc gia. Kể từ đó, hòn đảo được mở rộng bằng đất khai hoang và sáp nhập vào Nagasaki. Việc thiết kế lại mở rộng cảng Nagasaki vào năm 1904 đã che đi vị trí ban đầu của nó.[7] Dấu vết cũ của đảo Dejima được đánh dấu bởi các đinh tán; nhưng khi quá trình phục hồi diễn ra, phạm vi của hòn đảo sẽ dễ nhìn thấy hơn.

Dejima ngày nay là một địa điểm đang được hoàn thành. Hòn đảo được chỉ định là một di tích lịch sử quốc gia vào năm 1922, nhưng các bước tiếp theo diễn ra một cách chậm chạp. Công việc khôi phục đã được bắt đầu vào năm 1953, nhưng dự án đó đã bị đình trệ.[7] Năm 1996, việc khôi phục Dejima bắt đầu với kế hoạch xây dựng lại 25 tòa nhà trong địa điểm đầu thế kỷ 19 của chúng. Để hiển thị tốt hơn hình dạng cánh quạt của Dejima, dự án dự kiến ​​xây dựng lại chỉ những phần của kè xung quanh đã từng bao quanh hòn đảo. Các toà nhà còn tồn tại từ thời kỳ Minh Trị vẫn được sử dụng.

Vào năm 2000, năm tòa nhà bao gồm khu nhà ở của Phó viên chức được hoàn thành và mở cửa cho du khách tham quan. Vào mùa xuân năm 2006, những chi tiết hoàn thiện là khu nhà của Viên chức đứng đầu, văn phòng của quan chức Nhật Bản, khu nhà của Thư ký trưởng, Kho hàng số 3 (No. 3 Warehouse), và Hải Môn (Sea Gate). Hiện nay, có khoảng 10 tòa nhà trong khu vực đã được khôi phục.

Kế hoạch dài hạn dự định rằng Dejima sẽ được bao quanh bởi nước ở cả bốn mặt; dạng cánh quạt đặc trưng và tất cả các bờ kè của nó sẽ được khôi phục hoàn toàn. Kế hoạch dài hạn này sẽ bao gồm quá trình tái phát triển đô thị quy mô lớn trong khu vực này. Để biến Dejima trở thành đảo một lần nữa, sẽ cần phải định tuyến lại sông Nakashima và di chuyển một phần của Tuyến 499.